ホームページのレイアウトをするときたいていの場合パターンは決まっています。ホームページはタイトルなどのヘッダー部分、メニュー部分、内容を書くコンテンツ部分、そしてcopyright等を書くフッター部分で構成されます。たいていは以下のようなパターンでしょう。

上の図の水色の部分がメニュー、ピンク色の部分がコンテンツ(内容)部分です。もちろんもっと様々なパターンはありますが大まかに分けるとほとんどのホームページが上のいずれかのパターンでしょう。
その中でも多いのが2カラムのレイアウトです。このサイトのテンプレートもそうですね。そこで気になるのがメニューの位置。メニューは右がいいのか左はいいのか…
一昔前まではメニューは左というのが常識でした。人の視線はたいてい上から下、左から右に流れるためということからのようです。Windowsのショートカットアイコンも左側が標準です。
しかしどちらかというと「みんな左にメニューがあるから…」というなんとなくという理由が大多数であった気もします。
最近はまだ左メニューの方が多数派のようですが右側にメニューを配置するサイトも数多く見られるようになってきました。その理由は「右利きの人が多い」ということからです。
たいていの場合マウスに手を添えてボーっとしているとマウスカーソルは画面の右下の方にやってきます。ですから右側にメニューがあったほうが近いということです。またスクロールバーは右側にあるため縦長のページのときは「スクロール、クリック」という動作をし易いということもあります。
「ホームページのメニューの位置」についてはそのときの流行もありますから一概にこちらが優れているというものではありませんが、HTMLにおいては常にヘッダー→コンテンツ→メニュー→フッターという書き順にしておく必要があります。
これはSEOの観点からも最も重要なことです。もちろんこのサイトで扱うHTMLテンプレートの書き順はヘッダー→コンテンツ→メニュー→フッターとなっています。